Os cursos d'água localizados na Folha de Cosmópolis fazem parte da bacia do rio Piracicaba, subdividida pelo DAEE (1981) em três sub-bacias e, parcialmente representadas no Mapa das Bacias Hidrográficas: Piracicaba 1, Jaguari 5 e Atibaia 4, em ordem decrescente de extensão em área.

Os principais cursos d'água da Folha são os rios Jaguari e Atibaia que cortam a área de leste para oeste na sua metade sul, sendo praticamente paralelos, e o ribeirão Pirapitingui, que é afluente da margem direita do rio Jaguari. No extremo sudoeste fica localizada grande parte da Represa de Salto Grande, originada do represamento do rio Atibaia.

O modelo diário de simulação hidrológico obtido do DAEE (1981) mostra o seguinte resumo anual (média de 30 anos) para as sub-bacias Piracicaba 1, Jaguari 5 e Atibaia 4, respectivamente: escoamento parcial (somente da sub-bacia em questão) com vazões de 458.106 m3/ano, 177.106 m3/ano e 133.106 m3/ano. O escoamento básico (do aqüífero principal) apresenta vazões de 155.106 m3/ano, 67.106 m3/ano e 42.106 m3/ano. Os valores da precipitação média anual são de 1.233 mm, 1.237 mm e 1.281 mm, e valores de recarga média anual de 154 mm, 236 mm e 156 mm.

As três sub-bacias apresentam situação preocupante quanto à qualidade de suas águas, estando próxima ou já atingindo o nível de imprópria para o tratamento convencional. Foi observado, já em 1980 na sub-bacia do rio Atibaia, índice de oxigênio dissolvido próximo de zero (DAEE, 1981). A sub-bacia do rio Jaguari é a que apresenta as melhores condições em suas águas, não dispensando, no entanto, medidas preventivas de proteção para seus mananciais.

Na Folha mapeada, a rede de drenagem das três sub-bacias apresenta-se da seguinte forma:

a) Sub-bacia Piracicaba 1:

- Drenagem simétrica e de baixa densidade, com sinuosidade mista e angularidade média na confluência dos elementos. Não apresenta direção preferencial definida, sendo multidirecional ordenada. Ocorrem formas anômalas, caracterizadas pela mudança de direção em aproximadamente 90º, controlados pelo fraturamento do substrato rochoso;
- Drenagem de média a alta densidade e sinuosidade mista, com predominância de elementos retilíneos. A angularidade é média, predominando ângulos de 90º na confluência dos elementos. Não apresenta uma direção preferencial definida, sendo multidirecional ordenada. É essencialmente simétrica.

b) Sub-bacia Jaguari 5:

Apresenta drenagem simétrica e de baixa densidade e drenagem de média a alta densidade, semelhante ao encontrado na Sub-bacia Piracicaba 1. Além destas duas formas de drenagem, ocorrem elementos de drenagem anômalos, com meandros, paleocanais e formação de corredeiras.

c) Sub-bacia Atibaia 4:

Constituída principalmente por elementos de drenagens anômalos, com meandros pronunciados, paleocanais e formação de corredeiras.